Une étude portant sur près de 3,4 millions de personnes d’ascendance diverse a identifié des milliers de variantes génétiques associées à la consommation de tabac et d’alcool.
Plus de 3 500 variations génétiques susceptibles d’affecter le tabagisme et le comportement en matière de consommation d’alcool ont été identifiées dans une étude portant sur près de 3,4 millions de personnes d’ascendance africaine, américaine, est-asiatique et européenne.
Les résultats, publiés dans Nature le 7 décembre, soulignent comment l’augmentation de la taille de l’échantillon et de la diversité ethnique améliore la puissance de ces analyses de criblage du génome – appelées études d’association pangénomique (GWAS) – pour révéler comment divers traits sont liés à des gènes, des combinaisons de gènes ou des mutations.
Le tabagisme et la consommation d’alcool sont des facteurs de risque importants pour plusieurs maladies physiques et mentales, y compris les maladies cardiovasculaires et les troubles psychiatriques. Bien que les deux comportements soient influencés par des facteurs environnementaux et sociaux, il existe des preuves que la génétique peut influer sur la consommation de tabac et d’alcool. « Nous sommes à un stade où les découvertes génétiques sont traduites en [applications] cliniques », explique le co-auteur de l’étude, Dajiang Liu, généticien statistique au Penn State College of Medicine à Hershey, en Pennsylvanie. « Si nous pouvons prévoir le risque de développer une dépendance à la nicotine ou à l’alcool en utilisant cette information, nous pouvons intervenir tôt et potentiellement prévenir beaucoup de décès. »
Une diversité ancestrale
Les scientifiques utilisent les GWAS pour trouver des liens génétiques avec des maladies ou des comportements en comparant les séquences génétiques d’un grand nombre de personnes. Mais jusqu’à présent, la plupart de ces études se sont concentrées sur les populations européennes. Liu et ses collègues ont construit un modèle qui incorporait les données génomiques de 3 383 199 personnes, dont 21% avaient des ancêtres non européens.
Ils ont identifié 3 823 variantes génétiques associées aux comportements tabagiques ou alcooliques. Trente-neuf d’entre eux étaient liés à l’âge auquel les personnes ont commencé à fumer, 243 au nombre de cigarettes fumées par jour et 849 au nombre de boissons alcoolisées consommées par semaine.
Sur le nombre total de variantes associées, 721 ont été identifiées uniquement par le GWAS multi-ascendance, et non par un modèle naïf d’ascendance que les auteurs ont utilisé pour la comparaison. Cela suggère que des échantillons de population vastes et diversifiés augmentent considérablement la puissance de telles études.
Les chercheurs ont constaté que la majorité des associations génétiques pour boire et fumer ont des effets similaires dans les différentes ancêtres. « Nous trouvons également des estimations d’héritabilité similaires [pour les traits] à travers les ancêtres … suggérant qu’en général, l’architecture génétique de ces comportements est similaire d’une ascendance à l’autre », explique Gretchen Saunders, psychologue à l’Université du Minnesota, Minneapolis, et co-auteur de l’article.
Cependant, ils ont également montré que les scores de risque polygénique – basés sur une combinaison de multiples facteurs génétiques – qui étaient spécifiques au groupe d’ascendance européenne étaient de mauvais prédicteurs des comportements tabagiques et de consommation d’alcool dans d’autres groupes d’ascendance. « Même avec ces échantillons de grande taille, ils ne se transfèrent tout simplement pas d’une population à l’autre », explique Saunders.
Influence sur l’environnement
La similitude entre les ascendances pourrait être en partie due au fait que la grande majorité des cohortes non européennes incluses dans l’étude vivent aux États-Unis et ont donc des influences environnementales similaires – telles que les politiques de santé publique et la disponibilité des produits alcooliques et nicotiniques – explique Ananyo Choudhury, généticien à l’Université du Witwatersrand à Johannesburg, en Afrique du Sud.
« Les facteurs épigénétiques et environnementaux sont vraiment importants pour désactiver et activer les gènes. C’est peut-être pour cette raison qu’il n’y a pas beaucoup de différences [significatives] », ajoute Şehime Temel, qui étudie la génétique médicale à l’Université Bursa Uludağ, en Turquie.
L’analyse n’a pas non plus inclus les personnes du Moyen-Orient et des populations indiennes, dans lesquelles le tabagisme est souvent répandu. « Le tabagisme est très courant [au Moyen-Orient]. Il y a une énorme consommation de pipe à eau à chicha », explique Mahmut Ergören, biologiste médical à l’Université du Proche-Orient à Nicosie, à Chypre. Il ajoute que l’inclusion de ces populations dans l’analyse améliorerait sa précision et aiderait à identifier davantage d’associations génétiques.
Les chercheurs reconnaissent que leur échantillon ne capture pas la diversité mondiale en termes d’ascendance génétique ou de géographie. « Bien qu’il s’agisse de l’étude la plus vaste et la plus diversifiée sur les phénotypes de tabagisme et de consommation d’alcool à ce jour, elle n’a pas couvert toutes les populations », explique Liu. « Dans les phases futures de l’étude, nous accueillerons les collaborations d’autres chercheurs qui ont accès à des ensembles de données supplémentaires pour élargir davantage nos études. »
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